מערכת הכוללת את הסוגים העיקריים של אנטיגנים של תואם רקמות, שנחקרים כדי לקבוע התאמת רקמות בין תורמים למקבלים בהשתלות איברים. חלק גדול מהם קשור למחלות. אם לשני אנשים יש מערכת HLA זהה, קיים תואם רקמות ביניהם. להשתלה מוצלחת דרוש שוני מינימלי ב- HLA בין התורם והמקבל.